Negeri Malaysia Sarawak dan Sabah (Malaysia Timur), di utara, menduduki kira-kira 26% pulau itu. Kawasan berhutan di sini menyusut dengan cepat kerana pembalakan berat bagi industri papan lapis Malaysia. Dua penyelidik perhutanan[3] dari Pusat Penyelidikan Sepilok,[4] Sandakan, Sabah pada awal tahun 1980an mengenalpasti empat kayu keras yang berkembang pesat dan penemuan pengumpulan benih dan pengendalian Acacia mangium dan Gmelina arborea, pokok-pokok tropika yang berkembang pesat ditanam di kawasan besar bekas-bekas yang terdahulu dan dibakar di bahagian utara Pulau Borneo.

Orang-orang asli di Malaysia telah terjejas oleh pembalakan tanpa keizinan mereka yang bebas, sebelum dan berpengetahuan dalam hutan leluhur mereka. Mereka telah menggunakan perhimpunan aman [1][5] dan advokasi media sosial [6] untuk meningkatkan kesedaran hak mereka ke hutan, dengan beberapa kejayaan. Soalan mengenai bagaimana dan mengapa lesen pembalakan diberikan tanpa persetujuan komuniti masih tidak ditangani.[7]

Hutan hujan juga banyak dimusnahkan dari kebakaran hutan 1997 hingga 1998, yang dimulakan oleh penduduk tempatan untuk membersihkan hutan untuk tanaman dan dilestarikan oleh musim El Nino yang sangat kering sepanjang tempoh itu. Semasa kebakaran yang hebat, titik panas dapat dilihat pada imej satelit dan jerebu yang dihasilkan itu menjejaskan negara-negara Brunei, Malaysia, Indonesia dan Singapura. Pada Februari 2008, kerajaan Malaysia mengumumkan pelan Tenaga Diperbaharui Koridor Sarawak[8] untuk menuai tanah dara perawan Borneo utara. Penebangan dan kemusnahan biodiversiti yang lebih banyak dijangkakan berikutan komisen pembalakan, empangan hidroelektrik dan perlombongan mineral dan sumber lain.